Zeyrek Camii veya Pantokrator Manastırı Kilisesi İstanbul’un Zeyrek semtinde Doğu Roma döneminden kalma dinî yapıdır. Kilise üç ayrı şapelin bir araya gelmesinden oluşur. Ayasofya’dan sonra İstanbul’da ayakta kalan en büyük eski kilisedir.
Güneydeki ilk kilise II. İoannis’in karısı İrini tarafından 12. yüzyılın ilk çeyreğinde yaptırıldı. Karısının ölümünün ardından imparator kilisenin kuzeyinde, az ilerisine ikinci bir kilise yaptırdı ve en sonunda bunları birleştirmek için üçüncü bir kilise daha yaptırdı.
İstanbul’un fethinden camiye çevrilen ilk kilisedir. Müderrisi Zeyrek Mehmed Efendi’ydi. Fatih Külliyesiyle birlikte yeni medreselerin yapımı tamamlanınca buradaki medrese kapandı ve bina cami oldu. Şu anda yalnızca güney kısmı cami olarak kullanılmaktadır.
118 ve 1124 tarihleri arasında Bizans imparatoru II. İoannis’un eşi İrini bu manastır sitesini inşa etti. Hristos Pantokrator (Her şeye kâdir İsa) adadı. Manastır, ana kiliseyi kapsıyordu. Ayrıca bir kütüphane ve bir de hastane adadılar. Eşinin ölümünden sonra, kısaca 1124 den sonra imparator II. İoannis ilk kilisenin kuzeyine diğer bir kilise inşa etti. Onu Theotokos Eleousa’ya adadı. Neticede (1136) iki şapel (Saint Micheal’e adanan) ile birleşti. Komnenos ve Paleologos hanedanlıklarının İmparatorluk mozelesi haline geldi. Bundan başka, pek çok yüksek rütbeli Bizanslı, İmparator II. İoannis ve eşi İrini, İmparator I. Manuil’un eşi Sulzbachlı Bertha ve İmparator V. İoannis buraya gömüldüler.
Medresenin müderrislerinden Zeyrek lakaplı Molla Mehmed Efendi yapının Osmanlı dönemindeki isminin kaynağıdır. Osmanlının fetihten sonraki ilk eğitim kurumu oldu.
Molla Zeyrek Cami, 1986 senesinde UNESCO tarafından Dünya Mirası listesine dahil edilmiştir
