Doğu Türkistan mücadelesi denilince akla gelen en önemli isimlerden olan İsa Yusuf Alptekin, çiftçi ve 12 çocuklu bir ailenin çocuğu olarak Yenihisar’da dünyaya gözlerini açmıştır. Kardeşlerinden 9’u küçük yaşlarda vefat etmiştir. Medreselerde eğitim almış, daha sonra ise Çin okulunda eğitimine devam etmiştir.
Memuriyete ise erken yaşlarda başlayan Alptekin, Türkçe öğretmenliği, vergi memurluğu gibi birçok görevde bulunmuştur. Yenihisar’da Çinli kaymakamın Andican’a tayini sonrası o da gitmiş ve 6 yıl burada görev yapmıştır.
Bölge Türklerinin Ruslara karşı verdiği mücadeleden ve oradaki şahsiyetlerden etkilenmiştir. En fazla etkilendiği kişi ise orada henüz öldürülmemiş olan Özbeklerin milli şairi Çolpan’dır.
1932 de Doğu Türkistan’a dönmüştür. Bir dergi çıkarmış ve bir de dernek kurmuştur. Bu çalışmaları sonrasında 12 Kasım 1933’te Doğu Türkistan Türkleri bağımsızlıklarını ilan eder. Kaşgar ise başkent olarak ilan edilir. Hacı Hoca Niyaz Cumhurbaşkanı olur. Ancak bu oldukça kısa sürer ve 1934 yılında Çin askerleri Doğu Türkistan’ı işgal eder.
1934 yılında Mehmet Emin Buğra, Doğu Türkistan’a yerleşir ve mücadeleye beraber devam ederler. İsa Yusuf, Mehmet Emin Bey ve arkadaşlarının çabasıyla Çin, Doğu Türkistan’da bir eyalet hükümeti kurmaya izin verir. 7 Kasım 1944’te Çin’e bağlı olarak, “Şarki Türkistan Eyalet Hükümeti” kurulur. İsa Yusuf bu hükümet üyeleri arasında yer alır.
Çin, komünist yönetim tarafından ele geçirilince Pekin’in işgali sonrası Doğu Türkistan’a doğru harekete başlarlar. İsa Yusuf ve Mehmet Emin, burada kalamayacaklarını anlayarak Doğu Türkistan için mücadelelerine devam edebilmek için vatanlarından ayrılma kararı alırlar.
Kızıl Çinin Doğu Türkistan’ı işgali sonrasında 1949 Keşmir’de 4 yıl kalır. Uzun ve çileli bir yolculuk sonrasında İsa Yusuf Bey 1954’te Türkiye’ye yerleşir. Burada ”Doğu Türkistan Cemiyeti” kurar. Bununla birlikte Doğu Türkistan hakkında herkesi bilgilendirmeye çalışır. 1980’de ise Dünya İslam Birliği Kurucular Meclisi üyeliğine seçilir. Buradaki İslam dünyasının dikkatini ve ilgisini Doğu Türkistan’a çeker ve Doğu Türkistan adına mühim kararların çıkmasını sağlar.
Türkiye’de Doğu Türkistan adına ciddi çalışmalar yürüten İsa Yusuf Alptekin, 15 Aralık 1995’te hayata gözlerini yummuştur.